En 1808, cuando Napoleón Bonaparte invadió España, pasó a escribir música nacionalista para la guitarra, acompañada a menudo por líricas patrióticas. Después de la derrota del ejército español, Sor aceptó un puesto administrativo en el gobierno de ocupación, bajo la monarquía de José Bonaparte. Tras la expulsión de los franceses en 1813, Sor y muchos otros artistas y aristócratas que simpatizaron con los franceses abandonaron España por miedo a las represalias. Se fue a París, y nunca volvió a su país de origen. En París hizo amistad con muchos músicos entre ellos el también guitarrista español Dionisio Aguado, colaborando estrechamente e incluso conviviendo juntos durante un tiempo. Compuso un dueto para los dos (Op.41, Les Deux Amis, los dos amigos en el que una parte está marcada "Sor" y la otra "Aguado").
Comenzó a ganar renombre entre la comunidad artística parisiense por sus habilidades para la composición y por su capacidad para tocar la guitarra, e inició ocasionales viajes a través de Europa, obteniendo considerable fama y convirtiendo la guitarra en un instrumento de concierto. Estuvo en Inglaterra en 1815 donde fue reconocido como compositor de óperas y ballets. En 1823 viajó a Rusia donde escribió y presentó exitosamente el ballet Hércules y Onfalia con motivo de la coronación del zar Nicolás I. En 1827, debido en parte a su avanzada edad, se asentó y decidió vivir el resto de su vida en París. Durante este retiro compuso muchas de sus mejores obras, entre otras una didáctica: Método para guitarra, publicado en 1830 y traducido a varios idiomas.
Su última obra fue una misa en honor de su hija, muerta en 1837. Esta muerte sumió al ya enfermo Sor en una seria depresión, y murió en 1839.
